求助锌电极-电解液模型中电解液嵌入电极

Blythe773

我现在建了一个锌电极和三氟甲基磺酸锌电解液的界面模型，并对其进行了能量最小化，得到的结果会有部分电解液嵌入电极中，放大后能看到有三氟甲基磺酸锌离子和水分子与锌成键，请问这是什么原因，下面是我用的em.mdp参数; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator      = steep
emtol           = 100.0      
emstep          = 0.01      
nsteps          = 50000      
nstxout         = 100

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 10           
cutoff-scheme   = Verlet
rlist           = 1.2           
coulombtype     = cutoff      
rcoulomb        = 1.2      
vdw-type        = cutoff
vdw-modifier    = Potential-shift
rvdw-switch     = 1.0
rvdw            = 1.2        
pbc             = xyz         
DispCorr        = no
; vmd em.gro em.trr
freezegrps      = ZN-Electrode
freezedim       = Y Y Y

牧生

http://sobereva.com/534

pal

电极是不是没做成周期性的