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[VMD] vmd是否可以生成.xyz坐标文件呢?

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发表于 2017-5-19 10:32:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 15whyhq 于 2017-5-19 10:34 编辑

vmd是否可以生成.xyz坐标文件呢?需要vmd使用的介绍,谢谢!
https://www.cp2k.org/exercises:2 ... eb#refnotes:1:note3  这个链接里面的 f.xyz  s.xyz   ini.xyz  这些坐标文件是怎么得到的呢?谢谢!

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发表于 2017-5-19 10:40:20 | 显示全部楼层
pdb文件不就是坐标文件吗

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发表于 2017-5-19 11:04:44 | 显示全部楼层
VMD可以直接导出xyz格式的文件

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发表于 2017-5-19 15:46:11 | 显示全部楼层
file - save coordinate选xyz
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 楼主| 发表于 2017-5-19 17:07:22 | 显示全部楼层
这种很多金属CU表面上有个有机分子形成的构型,怎么画,怎么得到这些原子的坐标呢?谢谢!

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发表于 2017-5-19 17:45:15 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2017-5-19 17:07
这种很多金属CU表面上有个有机分子形成的构型,怎么画,怎么得到这些原子的坐标呢?谢谢!


找点金属表面化学吸附的计算文章看看就有感觉了,坐标显然得优化
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发表于 2017-5-20 12:01:11 | 显示全部楼层
你保存成pdb也没问题(如果不是更好),然后用openbabel转一下就好了。
obabel -ipdb XXX.pdb -oxyz XXX.xyz
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