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[GROMACS] 做短肽在水溶液中的自组装模拟,如何确定模拟过程中关键参数设置

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楼主
老师,我现在在做一段短肽在水溶液中的自组装模拟,用的是 GROMACS+Amber19SB 力场搭配 OPC 水模型。目前已经生成了topol.top,想请教能量最小化、NVT/NPT 平衡和生产 MD 的关键参数设置要点,尤其是适配自组装体系的特殊设置~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-29 23:31:43 | 只看该作者 Only view this author
我打算做500ns模拟

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发表于 Post on 2026-4-30 11:48:47 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-29 23:31
我打算做500ns模拟

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2026-4-30 11:50:06 | 只看该作者 Only view this author
当前问的问题过于含糊、过于宽泛,没法回答。强烈建议你通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)系统学一遍,自然就知道怎么算这种问题了,里面有一大堆蛋白质模拟例子和各方面要点讲解,还有分子自组装过程的模拟例子。倘若学过后还有不清楚、不确定的问题,再具体提问。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-30 13:34:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-30 11:50
当前问的问题过于含糊、过于宽泛,没法回答。强烈建议你通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://ww ...

好的老师

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