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[GROMACS] 做蛋白水溶液模拟(amber19sb力场+opc水盒子),如何确认mdp文件是否合适

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发表于 Post on 2026-5-6 14:47:36 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
老师,我的蛋白是amber19sb力场+opc水盒子,请问mdp文件是否需要进一步修改
能量最小化

202605061435271812..png

nvt
202605061437247103..png 202605061437457517..png
npt
202605061446442356..png 202605061447162234..png
202605061435598802..png

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发表于 Post on 2026-5-10 17:47:39 | 显示全部楼层 Show all
用0.002 fs步长
不要设vdw-modifier = none、nstlist=20
不建议给non-protein专门设一个消平动组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2026-5-10 22:10:13 | 显示全部楼层 Show all
2329568177 发表于 2026-5-10 18:25
谢谢老师的建议,我又进一步修改了NPT1.mdp、NPT2.mdp、MD.mdp(NPT1是加了限制性条件,NPT2没加限制性条 ...

没事甭自己改fourierspacing
其它可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-10 23:10:08 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2026-5-10 22:10
没事甭自己改fourierspacing
其它可以

谢谢老师的指导,那我删掉fourierspacing,哈哈哈自己直接跑总是心里没底,怕参数有问题

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