膜蛋白insert时，出现corrupted unsorted chunks

lele123 · 发表于 Post on 2 hour ago

各位老师好，我在做膜蛋白/Mg2+/ATP/药物分子（名称为1224）嵌入DPPC+POPC混合膜时，出现报错信息Error in "gmx":free():corrupted unsorted chunks:，截图如下：

insert的相关文件在下面这个压缩包：

1.zip (6.81 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

不知道这个报错是什么原因，应该如何解决？

另外有一点是，因为这个蛋白中间有段loop是未解析的，同源结构中都是如此，因此无法用同源建模补全，但是不影响蛋白质功能。
之前的一次insert时，我没有将蛋白质处理成两条链，insert成功了，但是限制性动力学报错：
ERROR 1 [file pr.mdp]: The largest distance between excluded atoms is 7.351 nm, which is larger than the cut-off distance. This will lead to missing long-range corrections in the forces and energies.
所以之后，我将蛋白处理成两条链，此后就一直出现上述截图中的报错。

student0618 · 发表于 Post on 1 hour ago

可以用pdbfixer 或 modeller补non-terminal missing loop试试

不知楼主实际建模的步骤，可以试试其他更易用的嵌入膜的程序，如genmixmem http://sobereva.com/245

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[GROMACS] 膜蛋白insert时，出现corrupted unsorted chunks