关于伞形采样计算PMF，在最后PMF没有向0收敛的情况

Zesnyh · 发表于 Post on yesterday 21:44

各位老师好，我最近模拟了一个PFOA分子穿过不同孔径的树脂孔道的过程，我的几个树脂孔道都是差不多4nm长，使用pull命令得到了分子移动10nm的轨迹，从轨迹中每隔0.1nm选取一个窗口，看PFOA从进孔前到出孔的情况，使用的横坐标是PFOA分子与孔道中心在z轴上的距离，但我模拟了2nm、3.6nm、6nm三个孔径的孔道情况，我看到另一篇类似的文献这种情况在进入孔道前和完全出孔道的时候PMF应该是0才对，但我模拟时3.6nm时还算正常，2nm和6nm的孔道都出现了在完全将PFOA分子拉出孔道进入水相后PMF仍然没有回落的情况，能不能请各位老师帮忙解答一下什么情况，谢谢各位。

海棠依旧cdut · 发表于 Post on yesterday 22:13

我感觉你应该先检查你的histogram有没有合适的重叠。我之前做的时候遇到PMF曲线不对的时候大多数情况就是histogram没有合适重叠。这个时候就要考虑牵引力设置的问题了

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