跑预平衡是总是出现“larger than the table limit”报错

天色将晚

MD跑短时长预平衡始终出现“larger than the table limit”报错。感谢各位前辈、各位大佬解答。本人尚在学习阶段，学识尚浅，问题过于白痴还请各位海涵0.0

模拟体系为：26个自构建的有机分子结构+水分子组合的混合体系，总原子数1.5w，体系中有机组分质量等于水分子质量。各分子由MS建模，随后用Gaussian结构优化；优化后的结果导出为.pdb文件用于packmol，.mol2和.fchk文件用于sobtop生成RESP电荷及随后生成各分子基于GaFF力场下的.itp和.top文件。完成各分子.itp内[ atomtypes ]内容删除和整合编写model.top，后面模拟过程中也没有明显指向拓扑结构有问题。

gromacs用的是站内社长编译的2020.6 CUDA GPU加速版，mdp模板主体从某网站复制，模拟过程中出现问题后也通过查询站内信息做了各种修改。
目前能量极小化能够顺利完成，卡在预平衡阶段，有几点问题的疑问：
  1.预平衡设置是从0K升温到300K线性升温（1ns/100K），V-rescale热浴，Berendsen压浴（tau_p=1/2/5均尝试过），dt始终取0.5fs，无任何限制。总是在温度达到220K左后出现报错，内容主要为3种： a) Listed nonbonded interaction between particles xx and xx ... which is larger than the table limit, b) Triclinic box is too skewed, c) pressure scaling more than 1%，压力变化报错是最常出现的。截取末尾结构从200K开始升温，则直接出现压力报错。
  2.上述情况将Berendsen改为PR压浴后就会好很多，不会出现200K起始报错的情况，但还总是出现“larger than the table limit”报错。每次提示的原子序号也不相同，将PR压浴的tau_p改为0.5/1，加大盒子缩放也没有实质效果。感觉能不能跑过去全凭运气

问题1：每次“table limit”报错提示的原子序号不同是否说明并不是同一个分子？而是模拟过程中随机出现的情况？
问题2：能不能删除分子的.itp文件中[pairs]内容，不计算分子内的非键作用，有什么影响吗？
问题3：站内没有搜到一直不断出现“table limit”报错的情况，所以不清楚是什么原因？是gromacs版本问题，还是自建体系不确定性太多的问题？还是用个人笔记本GPU精度不够的问题？（刚上手，无根据纯瞎猜）

sobereva

mdp没给完整，没法回答。连极为常用的constraints = hbonds居然都没设，很可能存在硬伤。PS：十分推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统、完整学一遍，结合培训里海量例子，怎么正确地做各种问题的模拟什么就都明白了，别在一知半解的情况下抄网上的mdp

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查原因

天色将晚

sobereva 发表于 2026-5-11 12:30
mdp没给完整，没法回答。连极为常用的constraints = hbonds居然都没设，很可能存在硬伤。PS：十分推荐通过 ...

感谢社长回复。mdp截图已在贴中修改补全，尝试了很多次修改，贴的是最近两次的（用PR压浴是因为，多次尝试发现Berendson压浴更容易出现“pressure scaling more than 1%”的报错）。没有设置constraints = hbonds，一个原因是总会出现“LINCS 键角旋转超过30度”报错，所以去掉了， 另外步长设置0.5fs，对此限制还是否必要。

目前“pressure scaling more than 1%”报错用PR压浴可以极大避免，但还总是会出现“larger than the table limit”的报错。
拓扑文件目前没发现有明显问题，参数主要是调整步长和压浴类型和tau_p参数。不知道还能继续优化什么参数，有必要继续减小步长吗？谢谢社长！

sobereva

天色将晚 发表于 2026-5-11 13:15
感谢社长回复。mdp截图已在贴中修改补全，尝试了很多次修改，贴的是最近两次的（用PR压浴是因为，多次尝 ...

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：