计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 跑预平衡是总是出现“larger than the table limit”报错

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

117

eV
积分
119

Level 2 能力者

本帖最后由 天色将晚 于 2026-5-11 01:20 编辑

MD跑短时长预平衡始终出现“larger than the table limit”报错。感谢各位前辈、各位大佬解答。本人尚在学习阶段,学识尚浅,问题过于白痴还请各位海涵0.0

模拟体系为:26个自构建的有机分子结构+水分子组合的混合体系,总原子数1.5w,体系中有机组分质量等于水分子质量。各分子由MS建模,随后用Gaussian结构优化;优化后的结果导出为.pdb文件用于packmol,.mol2和.fchk文件用于sobtop生成RESP电荷及随后生成各分子基于GaFF力场下的.itp和.top文件。完成各分子.itp内[ atomtypes ]内容删除和整合编写model.top,后面模拟过程中也没有明显指向拓扑结构有问题。

gromacs用的是站内社长编译的2020.6 CUDA GPU加速版,mdp模板主体从autoff网站复制,模拟过程中出现问题后也通过查询站内信息做了各种修改。
目前能量极小化能够顺利完成,卡在预平衡阶段,有几点问题的疑问:
  1.预平衡设置是从0K升温到300K线性升温(1ns/100K),V-rescale热浴,Berendsen压浴(tau_p=1/2/5均尝试过),dt始终取0.5,无任何限制。总是在温度达到220K左后出现报错,内容主要为3种: a) Listed nonbonded interaction between particles xx and xx ... which is larger than the table limit, b) Triclinic box is too skewed, c) pressure scaling more than 1%,压力变化报错是最常出现的。截取末尾结构从200K开始升温,则直接出现压力报错。
  2.上述情况将Berendsen改为PR压浴后就会好很多,不会出现200K起始报错的情况,但还总是出现“larger than the table limit”报错。每次提示的原子序号也不相同,将PR压浴的tau_p改为1,加大盒子缩放也没有实质效果。感觉能不能跑过去全凭运气

问题1:每次“table limit”报错提示的原子序号不同是否说明并不是同一个分子?而是模拟过程中随机出现的情况?
问题2:能不能删除分子的.itp文件中[pairs]内容,不计算分子内的非键作用,有什么影响吗?
问题3:站内没有搜到一直不断出现“table limit”报错的情况,所以不清楚是什么原因?是gromacs版本问题,还是自建体系不确定性太多的问题?还是用个人笔记本GPU精度不够的问题?(刚上手,无根据纯瞎猜

1.png (33.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

能量极小化结果

能量极小化结果

2.png (22.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

预平衡mdp部分截图

预平衡mdp部分截图

3.png (377.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

混合体系截图

混合体系截图

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-5-11 03:16 , Processed in 0.170962 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list