模拟两条多糖链的协同组装行为，怎么把两条链放在一个盒子里面进行模拟？

lizihanlll

用gromacs通过分子动力学模拟研究两条多糖链的协同组装行为，那怎么把两条链放在一个盒子里面，然后进行模拟呢？通过pymol手动摆放构象可以吗，或者packmol建立复合物体系的盒子，然后加水那些

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “多糖MD模拟” 改了，以后务必注意！

sobereva

如果随机摆放，gmx insert-molecules插入俩这种分子就完了，如果要加水再用gmx solvate加。跟pymol毫无关系，也用不着packmol。如果有特殊要求，非得以特殊相对位置和朝向摆放，可以在VMD里自己挪，然后保存新的结构文件。