[GROMACS] 模拟去质子化分子添加抗衡离子的疑问

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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位老师，我的分子动力学模拟主要是研究碱性条件下去质子化的HTTA与金属离子的作用情况。其中金属主要为Li Na K，以氯离子表示水溶液中的氯盐形式存在。其中HTTA是在碱性条件发生去质子化以产生TTA-的形式，实际上掉下来的H应该是被0H-中和了。但是MD貌似模拟不了PH条件，那么我该添加额外的碱试剂阳离子作为TTA-的抗衡离子吗？还是以H3O+的形式存在，但是实际碱性又不会存在H3O+？

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