求助ATB网站提交小分子任务后一直卡住，最终显示“Gateway Timeout”，已经持续好...

clh@17685395256 · 发表于 Post on 3 hour ago

本帖最后由 clh@17685395256 于 2026-5-16 13:35 编辑

我最近在使用ATB网站（Automated Topology Builder，https://atb.uq.edu.au/）为我的小分子配体生成GROMACS拓扑文件。

我将小分子的PDB文件上传后，任务一直处于处理中状态，等待时间超过10min左右仍未完成。最终页面刷新后出现“Gateway Timeout”错误。错误提示全文为：
“The gateway did not receive a timely response from the upstream server or application.”

1. 已多次重新提交任务，问题依旧
2. 已更换不同网络环境和浏览器
3. 尝试过换时间段提交
4. 检查过小分子结构，原子数在可接受范围内（具体是31个原子）

1. 这是ATB服务器近期的问题，还是我提交的文件有特殊之处？
2. 目前是否有可用的替代方案（如其他在线工具或本地软件）可以生成类似ATB质量的拓扑文件？

cpplh · 发表于 Post on 2 hour ago

先计算RESP电荷（http://sobereva.com/476）或RESP2电荷（http://sobereva.com/531），再用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop/）就行

clh@17685395256 · 发表于 Post on 1 hour ago

cpplh 发表于 2026-5-16 13:39
先计算RESP电荷（http://sobereva.com/476）或RESP2电荷（http://sobereva.com/531），再用Sobtop（http:// ...

如果还想继续用ATB网站来做呢？还有没有办法呀

sobereva · 发表于 Post on halfhour ago

用sobtop是明显更好的选择，死活非要用ATB的话就发邮件问开发者

牧生 · 发表于 Post on 23 min ago

本帖最后由牧生于 2026-5-16 15:38 编辑

clh@17685395256 发表于 2026-5-16 14:00
如果还想继续用ATB网站来做呢？还有没有办法呀

我特意标红了

用ATB没有任何优势，只会给自己带来麻烦。。最最推荐sobtop

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

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[GROMACS] 求助ATB网站提交小分子任务后一直卡住，最终显示“Gateway Timeout”，已经持续好...