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[GROMACS] mmpbsa计算结合能差值太大求助

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体系共3w原子左右,跑了gromacs100nsmd模拟,取了最后的10n用李继存老师的脚本计算了结合能,发现这个值一会正一会负,这是怎么回事。问过ai,周期边界效应,拼接都做过了,还是这样.
小分子rmsd高的原因推测是它是环孢素,为多肽化合物,原子数近200个.

屏幕截图 2026-05-16 211457.png (145.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

屏幕截图 2026-05-16 211457.png

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蛋白骨架rmsd

蛋白骨架rmsd

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小分子rmsd

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
论坛置顶说了,问过LLM这句对解答没帮助的。

遇到任何问题先看轨迹,那一帧怎么了?是否出现了某特定相互作用?

十帧太少了,MMPBSA官方有说至少要100帧的。

MMPBSA其他设定是否正确?
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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3#
发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
本论坛里提问时不要出现“问过ai”这种文字,认真看
计算新手不要用AI
http://bbs.keinsci.com/thread-52382-1-1.html
"问了AI"已被纳入本论坛禁词
http://bbs.keinsci.com/thread-55679-1-1.html

PS:之前已经把 问了AI、问过了AI 加入了论坛禁词,看来还是有漏网的,今天又把 问过AI 加入了禁词库
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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