求助：如何将多帧.1og保存为一个PDB文件

2329568177 · 发表于 Post on 2026-5-17 19:42:51

我想用GMX计算MM曲线，如何才能将扫描的log保存为一个PDB文件，以及Gaussian如何从0°开始扫描

dodobird1 · 发表于 Post on 2026-5-17 20:21:36

openbabel应该可以；gaussview也可以直接save as另存为pdb

不过gaussian和gmx做计算的尺度差别很大这是处于什么原因要这么进行？

2329568177 · 发表于 Post on 2026-5-17 21:34:58

dodobird1 发表于 2026-5-17 20:21
openbabel应该可以；gaussview也可以直接save as另存为pdb

不过gaussian和gmx做计算的尺度差别很大这是 ...

我是想做rtp中的二面角参数，我看都是用Gaussian做QM，用gmx做MM，再拟合

dodobird1 · 发表于 Post on 2026-5-18 11:01:27

2329568177 发表于 2026-5-17 21:34
我是想做rtp中的二面角参数，我看都是用Gaussian做QM，用gmx做MM，再拟合

哦哦 qm/mm确实不了解太强了

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[GROMACS] 求助：如何将多帧.1og保存为一个PDB文件