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[GROMACS] 求助pdb2gmx生成蛋白质拓扑文件时的错误

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我的蛋白质保留了部分与蛋白质具有相互作用的水分子,之后用pdb2gmx生成蛋白质拓扑文件时选择的是amber19sb,水模型是OPC,结果出现报错。主要问题是Residue 'HOH' not found in residue topology database,将pdb文件中的HOH改为WAT后仍然出现这样的错误。但是在文件夹里是有生成itp.和top.文件的。想请教大家,这样的拓扑文件能用吗,这个错误应该怎么解决呢,谢谢!
另外,去掉pdb文件中的所有水分子之后是可以正常生成拓扑文件的,但是看文献上面都是保留了水分子,求助各位老师我现在应该怎么做。





CALB.txt

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此为蛋白质的pdb结构文件

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发表于 Post on yesterday 22:19 | 只看该作者 Only view this author
自行看相应力场目录下的rtp文件,里面的水是什么名字,结构文件里的残基名就改成什么
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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 hour ago | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师,我这就去查看

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