MD中的AMBER的tleap时，会默认将N端处理为带正电的-NH3+，怎么让他N端处理为NH2

wml@ · 发表于 Post on 2026-5-19 14:17:49

本帖最后由 wml@ 于 2026-5-19 14:32 编辑

MD中的AMBER的tleap在加载标准的蛋白质力场时，会默认将N端处理为带正电的-NH3+（即铵根离子形式），怎么让他N端处理为NH2

THR338在tleap之后为NH3，想要的是NH2，该怎么办？

18217265596 · 发表于 Post on 2026-5-19 14:41:42

可以做NH2的非标准残基替代之

wml@ · 发表于 Post on 2026-5-19 16:04:45

18217265596 发表于 2026-5-19 14:41
可以做NH2的非标准残基替代之

感谢您的回复，但是可能是因为他在N端第一个残基，tleap无法识别残基中特定原子的类型
FATAL:  Atom .R<CTHR 362>.A<H1 16> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<CTHR 362>.A<H2 17> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<CTHR 362>.A<HC 18> does not have a type.

/public/home/fffan/amber22/bin/teLeap: Fatal Error!
Failed to generate parameters

student0618 · 发表于 Post on 2026-5-19 18:00:12

wml@ 发表于 2026-5-19 16:04
感谢您的回复，但是可能是因为他在N端第一个残基，tleap无法识别残基中特定原子的类型
FATAL: Atom .R. ...

对应拓朴残基的原子名要一致

如果这几个原子现在的位置不重要，Amber 的话可以删掉这几个氢让leap按拓朴补

SiqiLee · 发表于 Post on 2026-5-19 20:43:38

C端及N端加帽子，来确保电荷中性

wml@ · 发表于 Post on 2026-5-20 10:19:51

student0618 发表于 2026-5-19 18:00
对应拓朴残基的原子名要一致

如果这几个原子现在的位置不重要，Amber 的话可以删掉这几个氢让leap按拓 ...

H1和H2就是NH2的两个H原子

wml@ · 发表于 Post on 2026-5-20 10:23:52

SiqiLee 发表于 2026-5-19 20:43
C端及N端加帽子，来确保电荷中性

这个THR残基是攻击底物的残基，机理中NH2的位置需要接收H原子，加帽子会影响

SiqiLee · 发表于 Post on 2026-5-20 11:08:52

wml@ 发表于 2026-5-20 10:23
这个THR残基是攻击底物的残基，机理中NH2的位置需要接收H原子，加帽子会影响

那不行就做非标准残基，你前面说原子类型不认识的问题也能避免

wml@ · 发表于 Post on 2026-5-20 11:39:38

SiqiLee 发表于 2026-5-20 11:08
那不行就做非标准残基，你前面说原子类型不认识的问题也能避免

好的，谢谢，我试一下

wml@ · 发表于 Post on 2026-5-20 11:40:23

student0618 发表于 2026-5-19 18:00
对应拓朴残基的原子名要一致

如果这几个原子现在的位置不重要，Amber 的话可以删掉这几个氢让leap按拓 ...

谢谢您的回复

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