求助这个输入文件为什么总是出现bond_atoms misssing？

lul123

各位大佬帮我看看我的这个为啥总是出现bond_atoms misssing啊

units           metal
dimension       3
boundary        p p f
atom_style      full

neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
comm_modify     cutoff 15.0

timestep        0.0005

# =========================================================
# Force field
# =========================================================
pair_style      hybrid lj/cut/coul/long 12.0 eam
pair_modify     shift yes mix arithmetic
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
improper_style  distance

kspace_style    pppm 1.0e-5
kspace_modify   slab 3.0

special_bonds   lj/coul 0.0 0.0 0.5

variable Lx equal 60.0
variable Ly equal 60.0
variable Lz equal 130.0

region whole block 0 ${Lx} 0 ${Ly} 0 ${Lz} units box

create_box      6 whole bond/types 2 angle/types 2 improper/types 1 &
                extra/bond/per/atom 3 extra/angle/per/atom 3 &
                extra/improper/per/atom 1 extra/special/per/atom 10
# =========================================================
# Read solution data
# =========================================================
read_data       system.data add append

mass 1 40.078    # Ca
mass 2 12.011    # C
mass 3 15.9994   # O
mass 4 15.9994   # Ow
mass 5 1.008     # Hw
mass 6 63.550    # Cu

set type 1 charge   2.0000
set type 2 charge   1.123285
set type 3 charge  -1.041095
set type 4 charge  -0.847600
set type 5 charge   0.423800
set type 6 charge   0.0000

group           solution type 1 2 3 4 5
group           water type 4 5

# 把溶液整体上移，避免和 Cu 表面重叠
displace_atoms  solution move 0.0 0.0 21.0 units box

variable        a equal 3.615

# Cu(111) surface normal along z
lattice         fcc ${a} orient x 1 -1 0 orient y 1 1 -2 orient z 1 1 1

variable zcu_lo equal 1.0
variable zcu_hi equal 11.5
region cu block 0 ${Lx} 0 ${Ly} ${zcu_lo} ${zcu_hi} units box
create_atoms 6 region cu

group           substrate type 6
set             group substrate charge 0.0

variable zfix_hi equal 6.3
region r_fixCu block 0 ${Lx} 0 ${Ly} ${zcu_lo} ${zfix_hi} units box
group fixedCu region r_fixCu
group mobile subtract all fixedCu

compute Tmobile mobile temp/com
thermo_modify temp Tmobile

fix             freeze fixedCu setforce 0.0 0.0 0.0
velocity        fixedCu set 0.0 0.0 0.0

fix zwall mobile wall/reflect zlo EDGE zhi EDGE

pair_coeff      6 6 eam Cu_u6.eam

# ---- Solvent self interactions ----
pair_coeff 1 1 lj/cut/coul/long  0.020741056    3.37000
pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long  0.003824715    3.82000
pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long  0.00603194844  3.09000
pair_coeff 4 4 lj/cut/coul/long  0.00673834990  3.16556
pair_coeff 5 5 lj/cut/coul/long  0.00000000     0.00000

# ---- Cross interactions among solute species and Cu ----
pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long  0.008903       3.59500
pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long  0.011182       3.23000
pair_coeff 1 4 lj/cut/coul/long  0.011819       3.26778
pair_coeff 1 5 lj/cut/coul/long  0.000000       2.18500
pair_coeff 1 6 lj/cut/coul/long  0.092190       2.85400

pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long  0.004802       3.45500
pair_coeff 2 4 lj/cut/coul/long  0.005075       3.49278
pair_coeff 2 5 lj/cut/coul/long  0.000000       2.41000
pair_coeff 2 6 lj/cut/coul/long  0.039590       3.07900

pair_coeff 3 4 lj/cut/coul/long  0.006374       3.12778
pair_coeff 3 5 lj/cut/coul/long  0.000000       2.04500
pair_coeff 3 6 lj/cut/coul/long  0.049710       2.71400

pair_coeff 4 5 lj/cut/coul/long  0.000000       2.08278
pair_coeff 4 6 lj/cut/coul/long  0.052550       2.75178

pair_coeff 5 6 lj/cut/coul/long  0.000000       1.66900

# =========================================================
# Bond / angle / improper
# =========================================================
bond_coeff      1 17.9494    1.313
bond_coeff      2 26.0185    1.012

angle_coeff     1 5.9999     120.0
angle_coeff     2 3.2523     109.47

improper_coeff  1 20.796     360.0

# =========================================================
# Output
# =========================================================
thermo          100
thermo_style    custom step temp pe ke etotal press pxx pyy pzz

dump            d1 all custom 1000 traj.lammpstrj id type q x y z
dump_modify     d1 sort id

reset_timestep  0
run             0

# =========================================================
# Stage 1: energy minimization
# =========================================================
min_style       fire
minimize        1.0e-8 1.0e-10 2000 20000

min_style       cg
minimize        1.0e-10 1.0e-10 10000 100000

write_data      minimized.data

fix             shakew water shake 1.0e-4 20 0 b 2 a 2

# =========================================================
# Stage 2: gentle heating
# =========================================================
velocity        mobile create 5.0 12345 mom yes rot yes dist gaussian

fix             int1 mobile nve/limit 0.005
fix             lang1 mobile langevin 5.0 50.0 0.5 54321 zero yes

run             5000

unfix           lang1
unfix           int1

# =========================================================
# Stage 3: warm-up to 300 K
# =========================================================
fix int2 mobile nve/limit 0.005
fix lang2 mobile langevin 50.0 300.0 0.5 65432 zero yes
run 10000

unfix lang2
unfix int2

# =========================================================
# Stage 4: 300 K stabilization
# =========================================================
fix int3 mobile nve
fix lang3 mobile langevin 300.0 300.0 1.0 76543 zero yes
run 50000

unfix lang3
unfix int3

write_data      equilibrated.data
我的data文件是60*60*60的盒子，是用packmol随机分布50个ca离子、50个碳酸根离子、5000个水分子

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “代码哪错了啊” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。