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[GROMACS] 两万邻二甲苯分子体系NPT模拟崩溃求助

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邻二甲苯分子首先用gaussian优化结构和频率分析,用multiwfn得到RESP电荷,然后用sobtop生成itp和top文件,其中键角键长力常数用mSeminario method方法得到,二面角力常数用GAFF2预建参数得到,然后用packmol在150nm的立方盒子里放两万个邻二甲苯分子,最终得到一个102nm的立方盒子,跑NPT过程中,邻二甲苯分子自发地形成团聚,并且最终崩溃报错 oxy.itp (12.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

oxy.top (335 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

oxy.log (150.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

NPT.mdp (1.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)


最初的盒子



崩溃前的盒子,多出发生团聚



202605201449411889..png (106.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202605201449411889..png

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发表于 Post on yesterday 20:55 | 只看该作者 Only view this author
盒子设的太大,邻二甲苯300k下是液体,密度约为0.88g/cm3,换算一下盒子边长应该是在16nm左右比较合理。你设置这么大的盒子,经过一段时间后,在范德华作用下,分子当然会自发聚集,因为原来离得太远了。并且对于邻二甲苯这种很普通的分子,没必要用mSeminario method拟合,直接用内置参数就行。

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发表于 Post on halfhour ago | 只看该作者 Only view this author
认真把“FAQ 11:什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数?”这部分看了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
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