作MOF的蒙特卡罗模拟吸附小分子时CIF文件有无序结构时如何处理

youyno · 发表于 Post on 2015-1-8 15:40:01

最近在用MS7.0的Sorption模块做MC时，从CCDC上下载CIF文件建模的时候发现多个结构有很多无序结构，比如同一个苯环出现了多个重叠，我知道这是由于做XRD，解单晶时反映的一个整体结构时由于同一个重复单元在不同的晶胞里面的位置不用造成的，反映到CIF文件中就是同一个位置出现多个相同的结构，而且都有一定的占有率。更明显的是一个甲基上的三个H在CIF中反映为6个H，其占有率均为50%，删除其中一个另外一个也跟着被删除了。那我的问题是我们在拿这种CIF文件做MC模拟的时候，有没有必要人为的将这些无序和不符合化学常识的情况调整过来？如果需要调整的话，是不是每一种占有率情况下的结构都要做一次模拟？
各位做MC的大牛，小弟刚刚接触这个，请大家多多指教！

378024572 · 发表于 Post on 2015-1-10 09:12:45

我的见解：需要调整，做一种情况就可以了。蒙特卡罗模拟本来就是寻找全局最小能量结构，如果时间足够长，就会找到。在此过程中，会考虑到不同的构象的。

ljn · 发表于 Post on 2021-7-26 15:01:49

请问老师这种情况您是怎么处理的呢？我也遇到了这样的情况，然后在ms中将重复的原子删去另存为cif文件，不知道这样是否合理？

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[蒙特卡罗] 作MOF的蒙特卡罗模拟吸附小分子时CIF文件有无序结构时如何处理

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