求助mdp中原子数不一致的错误

Amyluck · 发表于 Post on 2 hour ago

本帖最后由 Amyluck 于 2026-5-27 10:45 编辑

能量最小化过程中出现报错，原因为原子数不一致，经检查发现是top文件中的蛋白质大分子含有H，而gro文件中的蛋白质不含有H。
最初始的蛋白质pdb文件里面是没有H的。top文件是我以蛋白质top文件为基础的，用include引入了尿素、甘油itp后合成的top，蛋白质top文件是用pdb2gmx命令但没有写-ignh。因为担心命令-ignh会忽视蛋白质中的一些重要相互作用，所以没有写-ignh。
整个体系（酶+尿素-甘油）的gro文件（见上传的system文件）是用命令editconf生成的，如果用pdb2gmx的话会弹出力场和水模型选择，而蛋白质和小分子的力场又不相同，所以无法用同一力场来生成整个体系的gro。
想求助大家我现在应该把H加在gro文件里吗，但是加H的话会影响初始蛋白质的质子化状态（原来的His残基发生改变），所以求助各位老师现在应该怎么解决比较好呢？

sobereva · 发表于 Post on 1 hour ago

pdb2gmx产生的蛋白质的gro文件里绝对不可能没有氢，即便用基于联合原子模型的GROMOS力场，起码极性的氢、芳环上的氢也总是有的
描述不清楚就上传相应文件

Amyluck · 发表于 Post on 1 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-27 10:04
pdb2gmx产生的蛋白质的gro文件里绝对不可能没有氢，即便用基于联合原子模型的GROMOS力场，起码极性的氢、芳 ...

老师，我搭建的体系酶和尿素-甘油整体gro文件已经上传，是上面的system文件，辛苦老师帮我分析一下问题

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[GROMACS] 求助mdp中原子数不一致的错误