materials studio结果美化问题请教，如何得到密度的颜色映射图？

shuxinyu12

请问大家这种materials studio计算结果是如何处理才能得到文献里这种密度的颜色映射图？


问题（1）在MS里能弄这种关联密度大小的颜色标尺吗，还是需要其他软件？
问题（2）试了下vmd软件里的VDW样式感觉效果有好一点，但是不知道如何设置让其保持AC盒子的立方体晶胞形状，

shuxinyu12

文献里是下面是金属原子若干层，上面是聚合物，填充的氧气分子，做的氧气密度的颜色映射

qyw

好高级的图

PLwang

立方体晶胞形状，将原本的视觉模式更改一下，Display-Orthogra。
关于如何在VMD中显示晶胞，自己搜索，用Tk console很方便。

Stardust0831

文献图发一下具体链接，我可以试试看帮你重复出文献里的效果

sobereva

shuxinyu12 发表于 2026-5-28 16:52
文献里是下面是金属原子若干层，上面是聚合物，填充的氧气分子，做的氧气密度的颜色映射

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva

VMD利里用pbc box显示盒子边框（输入文件必须有盒子信息），pbc wrap命令把原子卷到盒子里
用vmd的volmap插件产生氧的空间分布函数（sdf）的格点数据，作为聚合物的Representation的drawing method设quicksurf且coloring method设volume时对等值面填色的格点数据

shuxinyu12

sobereva 发表于 2026-5-29 01:01
VMD利里用pbc box显示盒子边框（输入文件必须有盒子信息），pbc wrap命令把原子卷到盒子里
用vmd的volmap ...

谢谢管理员和社友@PLwang ，原子卷到盒子里的问题已经解决，但是密度颜色映射的问题，我了解到是需要把xtd文件转换为xyz文件，再用VMD处理，现在这个文件转换遇到了问题，用管理员帖子中的方法（将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元）
1.Run on server给了两条报错信息为（2026/05/29@16:10:28  [6HQ4I] - XTD2XYZ Script ERROR Queuing error: owners: Queue has been closed. Job not submitted.
2026/05/29@16:10:28  [6HQ4I] - XTD2XYZ Script ERROR Job failed during launch process, no results generated, no results downloaded, and project results folder has been removed）,
2.而直接点击Debug可以正常运行，也有出来.trj文件，但是运行2天了还没结束，我的体系是两千多个原子，500帧，不知道要多久才能结束？

尝试了几天，自己回答一下：
问题1报错的原因不知道，问题2可以参考这篇帖子的脚本逐帧输出：关于MS的轨迹转化脚本运行速度的探讨 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社，目前速度还可以，一分钟产生一个txt文件，把aha的代码改成了我想要输出的平衡后的1000~2001帧，输出编号部分代码修改如下：
my $name="$frame";
    if(length($name)==1){$name="000".$name}   # 1-9 → 0001-0009
    if(length($name)==2){$name="00".$name}    # 10-99 → 0010-0099
    if(length($name)==3){$name="0".$name}     # 100-999 → 0100-0999
    if(length($name)==4){$name="$name"}         # 1000-2000 → keep the original
之后把这些txt文件单独放到新建的D盘文件夹中，然后依次用下面3条cmd命令合并就得到了xyz文件，可以成功在VMD中打开：
D:
cd hebing(我的文件夹在D盘hebing文件夹中)
type *.txt >> merge.xyz

最后，非常感谢大神！！@rdcfm1223

shuxinyu12

Stardust0831 发表于 2026-5-28 21:28
文献图发一下具体链接，我可以试试看帮你重复出文献里的效果

DOI: 10.1039/d4ee00646a