请教超短肽预测工具推荐

王涛

我想要大量的预测超短肽（序列长度为6-7）的结构。本来想使用alphafold3来进行预测，但是遇到了报错。
我在使用alphafold预测一个六肽的时候出现报错
File "/data/apps/alphafold/3.0.0-4090/lib/python3.11/site-packages/alphafold3/data/parsers.py", line 152, in convert_stockholm_to_a3m
    query_sequence = next(iter(sequences.values()))
                     ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
StopIteration

请问有什么解决的方法或者针对超短肽有什么推荐的工具吗？

附上json文件和作业提交脚本

sobereva

结合合适的蛋白质力场，如很好的AMBER19SB，或者在无序小肽方面表现更优的ff24EXP-GA（JCTC, 21, 2515 (2025)，文中给了gromacs力场包），做动力学模拟，直接就能跑出来这么小的小肽的三维结构。注意很多很短的小肽并没有唯一稳定构象，用普通蛋白质结构预测工具预测也没意义。