原子间距很远，键级很小，应该看作是两个片段，还是一个分子

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-27 10:21:12

xujian 发表于 2017-5-27 10:17
老师，我分别做了ELF拓扑分析，以及ELF shaded surface map，分别如图一和图二（画圈的为考察的两个原子 ...

紫色小球是ELF的极大点，即(3,-3)点。橙色是(3,-1)点，意义不太大，相当于鞍点。
你当前的情况，肯定说不上是形成了共价键，但又比常规弱相互作用显得更强的一点，算是比较弱的电荷转移键可能比较妥当。你可以再算算相互作用能。

xujian · 发表于 Post on 2017-5-27 11:12:15

sobereva 发表于 2017-5-27 10:21
紫色小球是ELF的极大点，即(3,-3)点。橙色是(3,-1)点，意义不太大，相当于鞍点。
你当前的情况，肯定 ...

谢谢老师，请问相互作用能应该怎样计算啊

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-27 12:51:18

xujian 发表于 2017-5-27 11:12
谢谢老师，请问相互作用能应该怎样计算啊

整体能量减两个片段能量

曼竹w · 发表于 Post on 2017-9-27 18:53:18

sob老师，请问结构优化的时候不加弥散，然后想确认一下是否成键，那么不加弥散算了算单点能，我看输出的log文件的坐标和结构优化的log文件的坐标不一样，那么这还能衡量结构优化完的那个模型的键吗，我有点困惑。

xujian · 发表于 Post on 2017-9-27 20:29:41

曼竹w 发表于 2017-9-27 18:53
sob老师，请问结构优化的时候不加弥散，然后想确认一下是否成键，那么不加弥散算了算单点能，我看输出的log ...

单点的话键长什么肯定不会变化的

曼竹w · 发表于 Post on 2017-9-28 08:32:41

键长没有发生变化，但是原子坐标发生了变化，难道这不会影响吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-28 10:03:21

曼竹w 发表于 2017-9-28 08:32
键长没有发生变化，但是原子坐标发生了变化，难道这不会影响吗？

那是因为调整到了标准朝向，看此文了解基础
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

曼竹w · 发表于 Post on 2017-9-28 18:49:39

sob老师，那我要比较重金属和一个材料和一个氨基酸残基的相互作用，这个材料是合成的，我画的时候优化，那这个氨基酸残基是晶体解析出来的结构，键长键角都是固定的，我需要优化吗？假如不优化想计算提取的结构中金属离子和这个分子的键解离能之和又得不到焓，怎么解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-29 00:28:04

曼竹w 发表于 2017-9-28 18:49
sob老师，那我要比较重金属和一个材料和一个氨基酸残基的相互作用，这个材料是合成的，我画的时候优化，那 ...

晶体衍射通常只能给你准确的重原子的位置，起码氢的位置还得重新优化。
没有具体情况不好说，氨基酸残基数目不多的情况，最好和体系其余部分一起优化，不做任何限制

曼竹w · 发表于 Post on 2017-9-29 08:50:57

sob老师，那我从晶体库中提取的结构我不想几何优化不能直接计算频率吧？

曼竹w · 发表于 Post on 2017-11-15 16:43:55

可是氨基酸残基如果优化了之后就和原子晶体结构中的氨基酸残基不一样了。

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-15 17:25:01

曼竹w 发表于 2017-9-29 08:50
sob老师，那我从晶体库中提取的结构我不想几何优化不能直接计算频率吧？

不能

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-15 17:25:22

曼竹w 发表于 2017-11-15 16:43
可是氨基酸残基如果优化了之后就和原子晶体结构中的氨基酸残基不一样了。

本身真空和在晶体环境中构象就是会存在差异

曼竹w · 发表于 Post on 2017-12-24 20:13:12

sob老师，我现在计算一个金属离子和一个小分子的相互作用能，那么计算的话是用金属离子和小分子整体优化后的结构的零点能减去单个小分子和单个金属的能量嘛？那这样的话还包括小分子和金属的形变能呢。像这种情况怎么处理？

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-24 20:21:32

曼竹w 发表于 2017-12-24 20:13
sob老师，我现在计算一个金属离子和一个小分子的相互作用能，那么计算的话是用金属离子和小分子整体优化后 ...

零点能减电子能量毫无意义

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[波函数分析求助] 原子间距很远，键级很小，应该看作是两个片段，还是一个分子