结果分析的Protein最后几纳秒的RMSD值升高

hoaxing

请问一下，以下是我跑完之后，分析的backbone以及ligand的RMSD图（图一），想请问一下各位，我以下的操作（运行期间并没有报错）如果没有问题的话，我是不是应该延长MD的时间。

然后又因为CYP450s，这类蛋白末端loop环容易发生构象改变的原因（不是发生代谢的中心）。我分析了Ligand周围6Å的氨基酸的RMSD（图二，150ns-200ns），发现RMSD并没有和backbone的RMSD一样升高，所以我想请问一下，如果不延长MD的时间，这样子是否可行呢，因为我主要研究的是在代谢位点的MD。

因为我进行模拟的是CYP450s蛋白，所以包含HEME（里面带有Fe）。又因为Cys442被作为血红素铁的轴向配位半胱氨酸处理，所以构建拓扑时，删除了Cys442上的HG质子，并在Cys442的SG原子与HEME的Fe原子之间显式建立了一条配位/共价键：remove p.442 p.442.HG，bond complex.442.SG complex.504.FE

我用GROMACS进行MD分析，总分析时间是200ns
使用的力场分别如下：
蛋白：AMBER ff14SB
Ligand：GAFF2，电荷用AM1-BCC
Water：TIP3P
HEME用的是AmberTools里contrib的Shahrokh heme IC6的参数

student0618

有任何疑惑一率先用 e.g. VMD 看轨迹，那几纳秒发生什么事。

hoaxing

student0618 发表于 2026-6-4 14:29
有任何疑惑一率先用 e.g. VMD 看轨迹，那几纳秒发生什么事。

大佬，我对齐蛋白后在pymol里看了那几秒的轨迹。一切都是正常的。
就是蛋白的loop环和N端发生了空间构象的变化但是不影响代谢活性位点。
如果是这样的话，我可以使用上述的RMSD的图吗

student0618

观察配体相互作用有没有变化，没有的话就好

也可以撇除柔性部分后算的rmsd 确认

hoaxing

student0618 发表于 2026-6-4 18:48
观察配体相互作用有没有变化，没有的话就好

也可以撇除柔性部分后算的rmsd 确认

好的，谢谢老哥！