gromacs截断半径设置求助

Lmb · 发表于 Post on 2026-6-5 16:57:38

各位老师好，目前正在初步学习gromacs，建了一个含10个水分子的正方体盒子，由于这个盒子很小，边长只有0.6nm，选择降低邻居列表rlist，但是我查找的建议是使用Verlet列表时需保证rlist ≥ max(rcoulomb, rvdw)，同时建议范德华半径和静电作用的截断半径一致以简化计算。因此同步降低范德华半径和静电作用的截断半径。不知道我这样的操作是否合理？同时未来希望使用GAFF+UFF计算含四齿Pt金属配合物，体系的非键相互作用非常重要，这个情况下应该如何设置截断半径呢？

student0618 · 发表于 Post on 2026-6-5 17:24:10

截断半径是按力场设的。

有什么原因只跑10个水分子的盒子？

目前的机器就算没GPU也可以跑更大的盒子吧？

Lmb · 发表于 Post on 2026-6-5 18:06:04

student0618 发表于 2026-6-5 17:24
截断半径是按力场设的。

有什么原因只跑10个水分子的盒子？

感谢您的回答。因为初学，想先建最简单的模型学习。您的意思是截断半径设置以力场种类为准，与体系无关吗？那像GAFF+UFF这样的混合力场应该怎么设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-6 08:51:28

拿当前这么古怪、尺寸小得离谱、毫无普遍性的体系练手毫无意义
至少弄个3*3*3 nm的水盒子练习。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里第一个例子就是这个。rvdw=rcoulomb=1nm，rlist不需要自己设，PME方式算静电作用，对GAFF+UFF模拟完全适用。

Lmb · 发表于 Post on 2026-6-6 12:49:28

sobereva 发表于 2026-6-6 08:51
拿当前这么古怪、尺寸小得离谱、毫无普遍性的体系练手毫无意义
至少弄个3*3*3 nm的水盒子练习。北京科音分 ...

明白了感谢

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