gromacs如何获得分子密度求助

Lmb

各位老师好，通过MS获得提交文件需要的pdb文件时，需要获得分子密度以建立相对合理的模型。但当体系分子密度无法获得时应该怎么办呢？
我的想法是先建一个大盒子把体系分子包括进去，在优化达到某严格的收敛标准后获得密度。
例如这篇文献：https://doi.org/10.1038/s41467-025-59583-8
在动力学模拟中使用gromacs软件，是如何获得密度的呢？我查看了动力学计算细节和SI，没有相应内容。向各位老师求教。

sobereva

首先，单个分子没法说密度，通常说的都是分子液体或分子晶体的密度。对于分子液体，把分子用packmol或gmx insert-molecules塞满一个盒子（如4*4*4 nm盒子），用GROMASCS做能量极小化、平衡相动力学、产生相动力学，取产生相的密度平均值作为实际要用的密度。动力学部分都用NPT系综。如果你对这些知识没有概念、不知道怎么算的话，通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统学一遍，顺利的话几天内就能跑出来结果，从头开始学到里面的“均相体系的模拟与性质的计算”的地方就完全知道怎么做了。