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本帖最后由 YuDiFeng 于 2026-6-6 21:28 编辑
gromacs版本为2018.8，EmimBF4（离子液体，1-乙基-3-甲基咪唑四氟硼酸盐）使用CL&P力场，TiO2根据文献将Matsui-Akaogi 力场的Buckingham势转化为LJ势。用packmol构建模型，底层放置TiO2（0-33 Å），中层为EmimBF4（33-98 Å，350对），上层为CO2（100-140Å，50个）。
本人是一个gromacs新手，TiO2的力场转化之后不知道拓扑文件的编写是否正确，我是按照AI的指导将相关参数放置在ffnobonded中，生成脚本编写TiO2.itp。在进行能量最小化的时候，体系崩溃了。请各位老师批评指正，谢谢。
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202606061545358743..png
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模型
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202606061524272867..png
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TiO2力场参数
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BF4.gro
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BF4.itp
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BF4.pdb
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BF4.zmat
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c2c1im.itp
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c2c1im.zmat
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CO2.gro
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CO2.itp
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CO2.pdb
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em_eq.mdp
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EMIM.gro
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EMIM.pdb
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ffnonbonded.itp
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TiO2
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field.top
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TOP
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il.ff
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离子液体
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index.ndx
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pack_final.inp
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TiO2_IL_CO2.zip
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GRO
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TiO2_bottom.gro
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发表于 Post on yesterday 15:47
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