求助用Chemdraw搭配Gaussview构建复杂分子结构

lzy5260 · 发表于 Post on yesterday 21:23

老师好，我有个小问题。我把文献中的分子结构用 ChemDraw 画出来，然后复制粘贴到 MarvinSketch 中，转换为 3D 结构并提取坐标，再用高斯进行计算。我想问的是：对于同一个分子，按照相同的流程提取坐标，有时得到的结果不一样，有时却一样，这会影响后续高斯计算得到的结构吗？

李唯一 · 发表于 Post on yesterday 21:54

下个gaussview建模不行吗，弄这么麻烦干嘛

lzy5260 · 发表于 Post on yesterday 22:13

gaussview建模不太熟练

wal · 发表于 Post on yesterday 22:36

你这个分子太大了，初始构象不同很可能优化不到一个极小点
另外，你的流程很奇怪，用chemdraw就用吧，为啥不又chem3d来立体化，要用MarvinSketch

sobereva · 发表于 Post on 2 hour ago

对大多数普通分子，用gview直接创建结构是最简单最好用的，没有之一，片段库非常全，还可以自定义片段，还支持利用对称性建模，还支持做对称化...没法更好用。不熟就多练习，这绝对是最正确的做法。
仅对于有很多并环的体系，或者具有很长烃链的分子，用chemdraw提供的特性才会更方便。此时应当把chemdraw画的结构直接复制到Chem3D里产生初始三维结构，不合理的再放到gview里手动调整。
MarvinSketch毫无用处，直接弃了。不知道你哪学来的这么古怪非主流的做法

另外，要注意很多分子有不止一个势能面极小点，绝对不能随便画一个结构就去做优化。通常这样的体系需要用molclus做构象搜索，得到能量最低结构再计算才有实际意义，相关信息看：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

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