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[综合交流] 求助:构象搜索出现新化学键

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各位老师,我有一个侧链含有苯环基团的寡聚物,对其进行构象搜索时,发现大部分的构象中,其侧链的苯环之间连在了一起形成了新的化学键(理论上不应该成键),请问这种情况该怎么办?

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鸩羽

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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
看图上展现的,猜测是两端没封好,所以自然成键了。
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
8成是初始结构不对,该有氢的地方没氢,导致量子化学优化完了自然就成键了,如同两个自由基位点之间自发成键
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-7 14:53
8成是初始结构不对,该有氢的地方没氢,导致量子化学优化完了自然就成键了,如同两个自由基位点之间自发成 ...

我再次检查了一下,还真是,谢谢老师!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2026-6-7 14:45
看图上展现的,猜测是两端没封好,所以自然成键了。

好像是的,谢谢您!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-7 14:53
8成是初始结构不对,该有氢的地方没氢,导致量子化学优化完了自然就成键了,如同两个自由基位点之间自发成 ...

老师,我再仔细检查了一下,其实初始结构没有问题,主要是力场的问题,如果选用MMFF94力场,就不会出现该情况,但是选用MMX力场,那么苯环上会多出2个氢原子,不清楚是不是Gaussian的BUG,您对这个有了解吗?

C672729A6344FE9D949C8271C37F1B8A.png (27.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
gezq 发表于 2026-6-7 17:13
老师,我再仔细检查了一下,其实初始结构没有问题,主要是力场的问题,如果选用MMFF94力场,就不会出现该 ...
分清楚GaussView、GMMX和Gaussian的关系,Gaussian和建模阶段没半毛联系

你这是GMMX的界面,GMMX非常弱还收费,基本没内行人用
用molclus做构象搜索比这强百倍
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html


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