求助氧化石墨烯的结构设置与力场选择

downpuor · 发表于 Post on 2026-6-8 17:23:17

各位老师，我想研究的是不同离子液体负载在氧化石墨烯表面时候与二氧化碳的作用情况，目的是想看不同含量的离子液体负载在氧化石墨烯时候，1.CO2和氧化石墨烯的相互作用情况，和2.CO2穿过氧化石墨烯的扩散速率。主要通过gromacs来完成，生成了一个带pbc盒子的周期性氧化石墨烯结构mid2.pdb，而后通过添加@<TRIPOS>BOND字段生成能够显示跨越盒子两端的键，将这个结构用于sobtop生成拓扑函数前先用cp2k结构优化，1.用什么基组和泛函比较合适呢？2.生成拓补函数后，运行模拟，这个体系使用GAFF或CHARMM36合适吗？

KazusaT · 发表于 Post on 2026-6-8 21:17:35

拓扑而非拓补
1. PBE+DZVP-MOLOPT-SR-GTH，不过我觉得建模恰当的情况下也可以直接生成拓扑文件。
2. GAFF或OPLS-AA应该都可以，CHARMM36我不确定

student0618 · 发表于 Post on 2026-6-8 22:08:15

CHARMM36 有文献SI提供力场，但我不清楚和现有二氧化碳力场是否兼容，建议先检查。具体我以前用gopy生成，手动调盒子边界和残基名，再手用x2top生成拓朴。

Amber的话GOPY有教程，但注意它提供的力参数没优化过的。https://github.com/Iourarum/GOPY

OPLS-AA文献见过不少示例不过没用过，也是那一句检查和CO2选用参数是否兼容。

downpuor · 发表于 Post on 2026-6-8 22:34:19

本帖最后由 downpuor 于 2026-6-8 22:35 编辑

student0618 发表于 2026-6-8 22:08
CHARMM36 有文献SI提供力场，但我不清楚和现有二氧化碳力场是否兼容，建议先检查。具体我以前用gopy生成， ...

老师用x2top生成拓扑的时候，氧化石墨烯结构也需要将两端的原子相连以表示跨越盒子的键吗？

downpuor · 发表于 Post on 2026-6-12 17:29:58

KazusaT 发表于 2026-6-8 21:17
拓扑而非拓补
1. PBE+DZVP-MOLOPT-SR-GTH，不过我觉得建模恰当的情况下也可以直接生成拓扑文件。
2. GAFF ...

老师对于单层的氧化石墨烯只设置二维平面的周期性够吗

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-15 21:54:38

downpuor 发表于 2026-6-8 22:34
老师用x2top生成拓扑的时候，氧化石墨烯结构也需要将两端的原子相连以表示跨越盒子的键吗？

用sobtop无论对什么周期性体系产生拓扑文件，如果你用mol2格式，里面都必须记录了跨盒子的键，仔细看sobtop主页上产生周期性拓扑文件的例子和相关说明

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-15 21:55:45

downpuor 发表于 2026-6-12 17:29
老师对于单层的氧化石墨烯只设置二维平面的周期性够吗

GROMACS模拟时用二维周期性（结合或不结合wall）还是三维周期性，不在于有没有二维周期性氧化石墨烯，而在于有什么其它东西，诸如吸附物

downpuor · 发表于 Post on 7 day ago

sobereva 发表于 2026-6-15 21:55
GROMACS模拟时用二维周期性（结合或不结合wall）还是三维周期性，不在于有没有二维周期性氧化石墨烯，而 ...

老师我看文献构筑的氧化石墨烯周期结构往往是忽略构造边缘的羧基，也是为了表现xy平面的无限性吗

sobereva · 发表于 Post on 7 day ago

downpuor 发表于 2026-6-22 18:04
老师我看文献构筑的氧化石墨烯周期结构往往是忽略构造边缘的羧基，也是为了表现xy平面的无限性吗

理想的氧化石墨烯本来就是无穷延展的，没边缘的事。仅当断开的地方才会有边缘、并可能有边缘上的羧基

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