模拟过程涉及的镜像作用

downpuor · 发表于 Post on 4 hour ago

各位老师好，我的目的是模拟有机分子间苯二胺(图1，2，3中蓝色的分子)从水相(下层)向正己烷相(上层)的扩散过程因此建立了两相界面体系，模拟后能发现由于周期性的缘故上层有机相显示少量跑到下层水相底部，且间苯二胺分子向下跑，跳跃出现在最上层，能否使用相关命令使间苯二胺分子跳跃附近的那层溶液集中显示，而不显示跳跃，显示间苯二胺分子正常向下的扩散。

KazusaT · 发表于 Post on 1 hour ago

图没有传上来
可以用trjconv平移使得界面在盒子中间

downpuor · 发表于 Post on 14 min ago

KazusaT 发表于 2026-6-8 21:19
图没有传上来
可以用trjconv平移使得界面在盒子中间

老师图是这样的，是选定需要平移的z区域吗？使用-center把水相居中的方法合理吗？

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[GROMACS] 模拟过程涉及的镜像作用