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[GROMACS] 求助:伞形采样计算pmf异常问题

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本帖最后由 Mohan 于 2026-6-9 13:38 编辑

各位老师好,我最近在做smd将环肽拉入大肠杆菌细胞膜的模拟,后用伞形采样和wham计算pmf的研究,但是似乎计算出的pmf非常大,尤其是在6-8nm开始接触脂多糖lps开始pmf就快速上升,我也调整了非常多次力常数大小,窗口个数等,每个window的采样时间等,但是依然无法解决。下面是一些配置文件和计算的结果,还请各位老师帮忙看看其中有什么问题。

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