gromacs动力学结果可视化异常，有几条线段出现在盒子里面

微塑料 · 发表于 Post on 2026-6-9 17:15:04

首先这是出现问题的可视化结果：

。可以看到有几条线段出现在盒子里面。这是什么原因呢？
体系中的分子是聚乳酸和柠檬酸三丁酯，分别加入了Na离子和Cl离子。

vmd的参数：设置了三个Rep：Qicksurf

。

别说离开我 · 发表于 Post on 2026-6-9 22:29:08

大概率是PBC问题吧，体系截断了，用pbc处理一下看看呢

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-10 06:52:32

老生常谈的问题，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）专门全面讲VMD使用部分的幻灯片：

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[VMD] gromacs动力学结果可视化异常，有几条线段出现在盒子里面