大分子原子电荷构建问题

jackxws

请问我想要用gromacs模拟复杂大分子如带有一定交联的分子或煤炭/沥青等多杂环大分子，它的原子电荷如何构建呢。原子数已经达到400+，且无法简单做拆分去计算单体的情况，计算RESP或AM1-BCC都非常困难，除了分子优化困难，RESP计算也不容易收敛，AM1-BCC用ambertool去算的时候，原子数过多有可能报分子过大的错误，即便能算，计算效率也极其低。算QEQ或EEM倒是可以，但是精度还是低了点，这一类大分子的电荷计算有什么有效的办法吗？另外想问下用xtb的molden文件去做RESP拟合是可以的吗？

SharkYYX2025

我也经常做三四百原子的 动力学（有机聚合物 有机给体受体巨分子）RESP能算的，高斯比较吃力；ORCA开RI，算的不困难，就是有点慢，但也不会算几天这么夸张
可以考虑用xtb优化，然后拿ORCA算单点能，然后算RESP。我实测B3LYP-D3BJ def2SVP算三百多原子毫无压力（但RESP精度不知道是不是不够），B3LYP-D3BJ def2TZVP会比较慢，def2TZVP(-f)挺好的。
但是对配置可能有要求，可以细说你的配置和最大可用核心数，看看哪里需要提升

jackxws

我也经常做三四百原子的 动力学（有机聚合物 有机给体受体巨分子）RESP能算的，高斯比较吃力；ORCA开RI，算的不困难，就是有点慢，但也不会算几天这么夸张
可以考虑用xtb优化，然后拿ORCA算单点能，然后算RESP。我实测B3LYP-D3BJ def2SVP算三百多原子毫无压力（但RESP精度不知道是不是不够），B3LYP-D3BJ def2TZVP会比较慢，def2TZVP(-f)挺好的。
但是对配置可能有要求，可以细说你的配置和最大可用核心数，看看哪里需要提升

感谢回复，我就是用xtb在跑优化，然后用gaussian再跑一下优化然后算的单点，确实是可以算的，不过时间还是挺久，得要一天以上，主要是gaussian优化的时间太长了，我就在自己电脑上运行的，其实这都还好，主要multiwfn用我的16核电脑算RESP算的很慢，而且容易不收敛，就是算出来有的原子电荷10+明显不合理，但有时候也是对的，计算时长几个小时。RESP我是按照默认参数设置的会不会精度设的太高了。

SharkYYX2025

jackxws 发表于 2026-6-9 21:57
感谢回复，我就是用xtb在跑优化，然后用gaussian再跑一下优化然后算的单点，确实是可以算的，不过时间 ...

RESP算的慢和不收敛，两者没联系。慢是原子数确实太多了（顺利收敛也得这么慢）。不收敛更可能是结构优化的不合理，或者其他原因。
这个原子数，用自己电脑算难如登天 而且长期跑这种计算，不知道对电脑会不会损耗太大了。。。  我用56核超算上面的Multiwfn算RESP，三百多原子大概几十分钟，用的RESP默认参数。
建议是弄个服务器或者用超算平台。如果导师不支持给你配计算资源，那这个原子数后续跑动力学也很吃力。如果电脑还是你的个人电脑，天天高强度跑计算，万一累坏了就更不值得了