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[GROMACS] 糖类分子构象变化大导致体系崩溃

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各位老师好,我近期在进行糖类分子动力学模拟,使用GAFF力场,文件都是通过Gaussian结构优化与频率分析后,经由Sobtop生成,但好像模拟后会报错说键的旋转超过了30度,体系崩溃,不知各位老师是否有办法解决

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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
又是明显不该用Hessian算力常数的情况的时候乱让sobtop用Hessian算力常数。先把sobtop主页内容完整看一遍再用sobtop,尤其是认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
若用GAFF力场成键相关参数后还有问题,照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查
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