外加电场模拟过程中出现水挤开冻结锌板的现象

12345321 · 发表于 Post on 2026-6-11 10:10:51

本帖最后由 12345321 于 2026-6-11 10:19 编辑

求助，在分子动力学模拟中，使用amber14sb_OL15.ff力场，冻结最下层的四层锌金属板，模拟外加电场下，离子向电极移动的过程。
在生产模拟中，出现了如下情况，水挤开了冻结的锌板，如下图所示，1图为生产模拟刚开始快照，2图为生产模拟50ns后的快照。

本人在能量极小化后，已经做了5ns的NPT退火以及外加电场下10ns的预平衡，但外加电场做预平衡时未产生水推开金属板的现象。
想请教一下老师，该如何解决。
生产模拟和外加电场预平衡用的文件分别如下：

md_NPT.mdp (799 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

md_heat_NPT_Efield.mdp (874 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-15 19:08:21

初始结构/盒子信息可能有问题，导致slab缺乏跨周期的作用让水有机可乘
如果确信没问题，让XY方向可压缩系数为0使得水不可能钻进去

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[GROMACS] 外加电场模拟过程中出现水挤开冻结锌板的现象