chem 3d软件使用中出现 wangring! no atom type was assigned to the selected atom

Tobu8a

各位老师好 如题目所示 各位老师好。我想在chem3D中优化一个配合物分子，如图：
主要问题是：
请问如何在chem3D中进行预优化？  之前在CHEM3d中
进行预优化时都是按着1.calculations-mm2-minimize energy
2.mm2-molecule dynamics 但是这个在进行第一步时就会弹出wanrning 之前并没有接触过配合物的计算
还有就是请问在CHEMdraw中 金属原子与配体连接是用什么连接符号 这一点的选择 是否与报错有关

PLwang

No atom type was assigned。一般来说，在分子动力学模拟前，你需要对每个原子定义其原子类型，比如连接O的C和连接芳环的C，在分子动力学计算中会被视为两种不同的atom type，CO, CA等。这些不同类型的原子，会被分配不同的力场属性，随后才能进行后续的能量最小化和分子动力学模拟。

你没有在问题中说明，你需要使用这个计算来做什么。但如果你是为了优化这个结构的稳定构型，得到一些结构，或者能量上的信息的话，MD通常来讲是完全不够的，至少也得上一些DFT。建议还是学学Gaussian，ORCA或者其他DFT软件。这些软件上手并不难。

另外，对于你这个体系，涉及一系列金属，Gd等，MD是很难对这些金属做到很好的描述的。

对于你的最后一个问题，MD一定要预先定义好Bond。

李唯一

mm2力场不支持Gd元素

李唯一

可以换xtb软件预优化

Tobu8a

PLwang 发表于 2026-6-11 16:40
No atom type was assigned。一般来说，在分子动力学模拟前，你需要对每个原子定义其原子类型，比如连接O的 ...

十分感谢老师！首先我的目的是计算这个分子的HOMO LUMO等能量信息 之前和前辈学习的方法是在CHEM3D中进行1楼流程中的预处理 导出PDB格式文件后 再在Gaussian上进行DFT计算 但是之前接触的分子都不涉及配合物 所以并没有出现这个问题 那请问现在如果我想对这个配合物进行计算的话该怎么去处理呢

Tobu8a

李唯一 发表于 2026-6-11 16:47
可以换xtb软件预优化

感谢您 之前并没有接触过这个软件 我去了解一下

PLwang

Tobu8a 发表于 2026-6-11 17:00
十分感谢老师！首先我的目的是计算这个分子的HOMO LUMO等能量信息 之前和前辈学习的方法是在CHEM3D中进行 ...

不需要这样做，CHEM3D，或者Gaussian View直接建模，然后使用Gaussian进行计算即可。一方面，力场优化出来不一定准；另一方面，这个体系也不大，没必要做什么预优化。

SharkYYX2025

之前和前辈学习的方法是在CHEM3D中进行1楼流程中的预处理

一般普通有机分子可以在chem 3D里面这样预优化结构（苯环 烷烃等）。稍微复杂一点就优化不了会报错，比如阴阳离子构成的盐、金属配合物、金属团簇。
所以一般按照楼上说的用xtb。但是也不保证GFN-xTB方法总是能正确描述金属配合物结构，毕竟还是和DFT有区别。需要小心检查xtb给出的结构是否合理
不会用xtb的话，就在gview里面点一下上面菜单栏的刷子（clean），然后优化。但也需要判断clean后结构是否合理