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[Sobtop] 求助:大体系如何构建力场并得到电荷

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我的体系有2500多原子,用sobtop构建完力场之后没有电荷,请问这么大的体系应该如何得到电荷呢?我本来想用CP2K来跑然后得到电荷,但似乎跑不动。请问还有其他更便宜的方法吗

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发表于 Post on 2026-6-11 20:38:59 | 只看该作者 Only view this author
仔细读SOBTOP的文档,其中明确了大体系不应该使用sobtop一步构建,应就每一个单元进行处理,得到对应的力场文件,随后再构建最终的整个体系。
至于你提到的,SOBTOP没有电荷,这实际上是因为你没有分配电荷。可以选择主功能7进行分配。
CP2K VASP Gaussian LAMMPS GROMACS欢迎交流

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发表于 Post on 2026-6-15 18:57:47 | 只看该作者 Only view this author
不要用“大体系”这种含糊其辞的描述,大体系种类多了去了,2500原子既可以是一个很大的晶胞或表面,也可以是一个蛋白质,也可以是一个很长的聚合物链,等等,获得最适合原子电荷的方法有天壤之别。直接把结构图发出来一目了然
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