请教使用AMBER mmgbsa 时需不需要去掉水

王涛 · 发表于 Post on 2026-6-11 20:51:05

在使用AMBER mmgbsa程序时，需要给出
1.运行轨迹 2.蛋白的top文件 3.配体的top文件 4.复合物的top文件
请问这四个文件都需要把水给去掉吗？还是不去掉也不影响结果？因为之前使用GMX的mmgbsa时候没有去掉水，不知道amber需不需要
若需要，用什么命令比较好呢？

SiqiLee · 发表于 Post on 2026-6-11 21:02:20

实际在算的时候是去掉了，但是轨迹可以不去掉，因为可以提供带水与不带水的拓扑文件，你直接用MMPBSA.py -h就可以看到需要提供的文件类型

王涛 · 发表于 Post on 2026-6-13 10:50:20

SiqiLee 发表于 2026-6-11 21:02
实际在算的时候是去掉了，但是轨迹可以不去掉，因为可以提供带水与不带水的拓扑文件，你直接用MMPBSA.py -h ...

谢谢老师。我还有一个疑问。我的体系是短肽-铵根。我用amber MMPBSA程序计算结合能。用的是&gb namelist variables下的igb=2（GB-OBC1）模型。由于铵根带电，想提高溶质介电常数，indi是&pb namelist variables下的关键词，我用GB模型加上indi有用吗？还是只能用PB模型的时候加indi

SiqiLee · 发表于 Post on 2026-6-15 17:24:57

王涛发表于 2026-6-13 10:50
谢谢老师。我还有一个疑问。我的体系是短肽-铵根。我用amber MMPBSA程序计算结合能。用的是&gb namelist ...

那就用PB，精度还能稍微好一点点

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