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[GROMACS] 电解液径向分布函数与文献图出峰顺序不一致,怎么修改

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本帖最后由 ZZYY 于 2026-6-12 10:54 编辑

文献内容:首先,利用 Gaussian 16 程序包[2],在 B3LYP/6-311+G(d) 理论水平下进行了量子化学计算,以优化溶剂分子的几何构型。通过拟合分子静电势得到这些溶剂分子中原子的部分电荷,拟合采用 Møller-Plesset 二阶微扰理论和相关一致极化价键 cc-pVTZ(-f) 基组,并针对原子中心进行。所有离子和分子的原子力场参数以 AMBER 格式描述。不同原子类型之间的交叉相互作用参数由 Lorentz-Berthelot 组合规则获得。体系MDFA/PFPN/FEC 电解液(150 LiPF₆, 1050 MDFA, 75 PFPN, 150 FEC)。采用 GROMACS 程序包和立方周期性边界条件对这些体系进行原子尺度模拟。所有原子的运动方程采用经典的 Verlet 蛙跳积分算法,时间步长为 1.0 fs。短程范德华相互作用和实空间静电相互作用的截断半径设为 1.6 nm。长程静电相互作用采用粒子网格 Ewald (PME) 求和方法处理,插值阶数为 5,傅里叶网格间距为 0.15 nm。所有模拟体系首先使用最陡下降法进行能量最小化,随后在 10 ns 内从 700 K 逐步退火至室温(300 K)。所有退火后的模拟体系在等温等压 (NPT) 系综中平衡 20 ns 的真实时间,采用 Nosé-Hoover 恒温器和 Parrinello-Rahman 恒压器,时间耦合常数分别为 0.4 ps 和 0.2 ps,以控制温度为 300 K、压力为 1 atm。进一步在正则系综 (NVT) 中进行 50 ns 的原子尺度模拟,模拟轨迹以 100 fs 的间隔记录,用于后续的结构和动力学分析。
我自己做的时候把截断距离和 PME 距离设置为 1.2 nm,力场参数是通过ambertool获得,其中锂离子的力场参数是通过其他文献得到,图1 是我得到的RDF图,图2是文献中的图,不明白为什么差距这么大。

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发表于 Post on 前天 14:48 | 只看该作者 Only view this author
图片没贴出来
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 15:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ZZYY 于 2026-6-12 15:11 编辑

不还意思,上传图片了,不知为何没有显示

微信图片_2026-06-12_104349_360.png (59.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

文献图

文献图

微信图片_2026-06-12_151034_244.png (98.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

微信图片_2026-06-12_151034_244.png

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