[Sobtop] 周期性结构两端原子的识别问题

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发表于 Post on yesterday 23:13 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位老师，因为我构建的氧化石墨烯(GO)结构原子数较多，因此我通过在assign_AT.dat文件中自定义规则来指认原子类型，我的体系主要涉及的原子类型如记录在[url=]assign_AT.dat中[/url]其中我的GO结构是放在盒子里的(mid2.pdb)，并且利用记录了CRYST1字段的pdb文件作为sobtop的输入文件，，载入文件后发现Sobtop没判断出部分跨盒子的键，仍然有边缘的碳原子无法识别，该如何改善呢，我直接手动根据原子序号补充这部分无法识别的碳原子可以吗?

assign_AT.dat

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mid2.pdb

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