周期性结构两端原子的识别问题

downpuor · 发表于 Post on 2026-6-14 23:13:08

各位老师，因为我构建的氧化石墨烯(GO)结构原子数较多，因此我通过在assign_AT.dat文件中自定义规则来指认原子类型，我的体系主要涉及的原子类型如记录在[url=]assign_AT.dat中[/url]其中我的GO结构是放在盒子里的(mid2.pdb)，并且利用记录了CRYST1字段的pdb文件作为sobtop的输入文件，，载入文件后发现Sobtop没判断出部分跨盒子的键，仍然有边缘的碳原子无法识别，该如何改善呢，我直接手动根据原子序号补充这部分无法识别的碳原子可以吗?

pal · 发表于 Post on 2026-6-15 14:12:46

可以mol2文件包含成键信息

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-15 18:22:09

一个是2L说的做法，令一个做法是自己修改sobtop的成键的判据，在bondcrit.dat里可以设置不同元素间距离多远的范围会被判断为成键

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[Sobtop] 周期性结构两端原子的识别问题