富含 α-螺旋的椭球状蛋白在长方体盒子中模拟发生旋转并跨越 PBC 边界，求助解决办法

dayu8278

老师、同学好：

我目前正在研究两个富含 α-螺旋的蛋白在水溶液中的相互作用。其中蛋白 A 为红色，蛋白 B 为蓝色，其初始复合物结构如图所示。

由于该复合体系总体呈现较明显的拉长椭球状（或条状），为了节约计算资源，我在建体系时采用了一个非对称的长方体水盒子（尺寸约为 31.3×14.5×15.0 nm3）。

然而，在模拟进行到约 500 ns 时，我发现由于蛋白在模拟过程中的旋转，其长轴转到了盒子的短轴方向，导致蛋白分子跨越了周期性边界（PBC），甚至可能与自身的周期性镜像产生了不必要的相互作用。

想请教各位老师和同学：

• 在这种长条状/椭球状体系的模拟中，这种由于旋转导致的跨边界问题，通常是因为初始盒子长短轴比例设置不合理，还是因为未对蛋白的旋转自由度进行限制？
• 在不无限放大盒子（避免增加过多水分子）的前提下，有什么推荐的解决方法吗？（例如：是否应该改用立方体/十二面体盒子，或者在生产跑阶段对体系的整体旋转进行微弱的限制？）
  
  

随信附上了我所使用的 .mdp 配置文件，期待大家的指导与建议。非常感谢！

KazusaT

可以消转动，参考https://manual.gromacs.org/2026-rc/user-guide/mdp-options.html#的comm-mode