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[Multiwfn使用咨询] 请教使用Multiwfn绘制二维NICS图,绘制出来之后看起来分子不是平面的

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各位老师好,我使用Multiwfn绘制二维NICS图来描述芳香性http://sobereva.com/682,如下图所示,绘制出来之后看起来分子不是平面的,就是说看不出分子结构,请问是什么原因

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发表于 Post on 2026-6-16 15:42:03 | 只看该作者 Only view this author
取的平面不合适
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发表于 Post on 2026-6-16 15:59:19 | 只看该作者 Only view this author
仔细看下文4.2节,弄清楚怎么恰当定义作图平面
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-17 13:43:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-16 15:59
仔细看下文4.2节,弄清楚怎么恰当定义作图平面
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-17 13:44:53 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2026-6-16 15:42
取的平面不合适

好的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-18 14:05:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-16 15:59
仔细看下文4.2节,弄清楚怎么恰当定义作图平面
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

老师,您好,我使用http://sobereva.com/261这个帖子计算NICS(1)_zz得到的值为正值,反芳香性的,然后用http://sobereva.com/682这个帖子绘制二维图时画出来是蓝色的居多,说明是芳香性的,和计算得到的数值芳香性解释不一致,请问是什么原因

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发表于 Post on 2026-6-18 18:19:08 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2026-6-18 14:05
老师,您好,我使用http://sobereva.com/261这个帖子计算NICS(1)_zz得到的值为正值,反芳香性的,然后用h ...

这个图明显是错的,图上的体系结构和图像完全不对应,肯定是没搞清楚坐标、没恰当使用nosymm之类的事。当前的图像的对称性都和分子的对称性完全不符
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-18 19:16:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yangjunfang 于 2026-6-18 19:20 编辑
sobereva 发表于 2026-6-18 18:19
这个图明显是错的,图上的体系结构和图像完全不对应,肯定是没搞清楚坐标、没恰当使用nosymm之类的事。当 ...

老师,我计算的NICS(1)_zz的数值的时候先定义了分子的质心,然后根据质心上面1埃建立了一个Bq来计算NICS(1)zz,Gaussian计算的时候使用了nosymm,然后我画那个二维图的时候首先定义了xy平面,然后垂直于xy平面,z方向上1埃画二维图,也就出现了帖子的第一张图,后面发现该分子的平面处在yz平面,所以画二维图的时候,以yz为平面,垂直于yz平面上,也就是x上方1埃进行画二维图,请问我这个处理方式是哪里出问题了吗,然后我Gaussian计算的NICS的输入文件和绘制二维图的输入文件已添加附件,能麻烦您看看我的有什么问题吗,我应该怎么做呢

NICS_2D.gjf

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NICS_2D.pdb

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gaussia-nmr.gjf

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发表于 Post on 2026-6-19 00:31:36 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2026-6-18 19:16
老师,我计算的NICS(1)_zz的数值的时候先定义了分子的质心,然后根据质心上面1埃建立了一个Bq来计算NICS( ...

作图流程没问题,但你不该取质心算NICS(1),因为你的分子本身是非平面的。以及发现该分子的平面处在yz平面显然是错误的,你那俩环都撇上天了哪来的平面。我个人觉得这种情况你要么直接做ICSS;要么对你感兴趣的环单独研究,以几何中心为参考来算NICS。

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发表于 Post on 2026-6-19 08:57:32 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2026-6-18 19:16
老师,我计算的NICS(1)_zz的数值的时候先定义了分子的质心,然后根据质心上面1埃建立了一个Bq来计算NICS( ...

如9L所说,如此明显非平面的体系应当绘制ICSS等值面图
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-20 19:34:06 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2026-6-19 00:31
作图流程没问题,但你不该取质心算NICS(1),因为你的分子本身是非平面的。以及发现该分子的平面处在yz平 ...

好的好的,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-20 19:34:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-19 08:57
如9L所说,如此明显非平面的体系应当绘制ICSS等值面图
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2026-6-20 20:27:22 | 只看该作者 Only view this author
这个二苯并咔唑 (Dibenzo[c,g]carbazole) 也算是经典的螺烯类分子了,著名的GMTKN55数据集里研究翻转消旋异构化过程的INV24子集 (Can. J. Chem. 94: 1133–1143 (2016), DOI:10.1139/cjc-2016-0290) 就把它记为第16号分子,在ORCA里用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVPP优化过的结构xyz坐标可直接从附录b复制出来观察:除了极小点明显有螺旋的样子以外,过渡态也有点偏离平面。不过DLPNO-CCSD(T)/CBS算的翻转能垒才4.1 kcal/mol,室温下想来不太容易观察到手性特征。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-23 10:16:07 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-6-20 20:27
这个二苯并咔唑 (Dibenzo[c,g]carbazole) 也算是经典的螺烯类分子了,著名的GMTKN55数据集里研究翻转消旋异 ...

好的好的,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-23 15:51:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yangjunfang 于 2026-6-23 15:54 编辑
sobereva 发表于 2026-6-19 08:57
如9L所说,如此明显非平面的体系应当绘制ICSS等值面图
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性 ...

sob老师,我绘制其ICSS等值面图的过程中,产生了68个输入文件计算屏蔽张量,前29个都是正常结束的,到了30-38异常结束,然后39以后又是正常结束了,想麻烦您看看是什么原因,里面写了很多警告
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Warning:  center7997 has no basis functions!
Warning:  center7998 has no basis functions!
Warning:  center7999 has no basis functions!
Warning:  center8000 has no basis functions!

屏幕截图 2026-06-23 155314.jpg (160.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

屏幕截图 2026-06-23 155314.jpg

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