计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 47|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Python] 修单晶方便地OMIT鬼峰

[复制链接 Copy URL]

27

帖子

0

威望

838

eV
积分
865

Level 4 (黑子)

本帖最后由 yaonaite 于 2026-6-17 12:38 编辑

相较于上一版shelx2019,shelx2025版本能够更好地处理孪晶,使得一些原本无法使用的单晶数据有了抢救的可能。
然而,当测得的单晶数据中有孪晶时,或存在重原子以至于旁边有鬼峰时,总有一些Q峰需要使用OMIT命令处理,一大堆坐标实在是难以手敲。
不过这个过程非常机械,非常适合用脚本自动化。以下提供convert_omit.py和convert_multiple_omit.py,分别处理一个和多个数据。
把需要处理的Q相关的行写进xxxxomit.txt或xxxxOMIT.txt中即可处理。设置了工作目录为D:\forrings,可以很方便地在脚本最前一段修改。

示例如下:
输入:
Q1        35        (-4,8,10), (4,-8,-10)
输出:
Q1        35        (-4,8,10), (4,-8,-10)
OMIT -4 8 10
OMIT 4 -8 -10
输入:
Q1        35        (-4,8,10), (4,-8,-10)
Q2        40        (-2,-1,1)
Q3        47        (13,10,-4), (-4,10,-12)
输出:
Q1        35        (-4,8,10), (4,-8,-10)
OMIT -4 8 10
OMIT 4 -8 -10

Q2        40        (-2,-1,1)
OMIT -2 -1 1

Q3        47        (13,10,-4), (-4,10,-12)
OMIT 13 10 -4
OMIT -4 10 -12



convert_multiple_omit.py

3.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

convert_omit.py

1.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
SharkYYX2025 + 3

查看全部评分 View all ratings

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-6-18 10:41 , Processed in 0.254512 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list