分子对接结合模式3D图展示什么哪些作用力比较合适呢？

Rick000000

求助一下，各位老师


分子一般展示哪些相互作用力，如果力太多，展示也不太好呀，看起来会比较乱，我看大部分文献就只展示氢键。
其它相互作用力是否可以不展示键线，只标注残基出来？




如果力太少的话，全部展示还比较好，展示主要的相互作用力，但是做结合模式组图的时候，往往要保持一致性，所以有的图采用上面的方案的话，后续其它相互作用力少的图，应该也用这种模式。



全部的作用力用2d相互作用图体现，这样可以嘛？

sobereva

非常建议用IGMH（需要波函数信息）或mIGM（便宜得多，且只修要几何结构信息）直观展示相互作用，能展现得非常全面，使用十分方便，看
使用mIGM方法基于几何结构快速图形化展现弱相互作用
http://sobereva.com/755（http://bbs.keinsci.com/thread-57066-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
Angew. Chem.上发表了全面介绍各种共价和非共价相互作用可视化分析方法的综述
http://sobereva.com/746（http://bbs.keinsci.com/thread-54361-1-1.html）

对于一些个别关键的氢键、卤键、盐桥等，可以再ps手动标注一下

2D图也可以一起使用，但单独使用的话无法展现出立体的相互作用信息，局限性很大。