分子对接结合模式3D图展示什么哪些作用力比较合适呢？

Rick000000

求助一下，各位老师


分子一般展示哪些相互作用力，如果力太多，展示也不太好呀，看起来会比较乱，我看大部分文献就只展示氢键。
其它相互作用力是否可以不展示键线，只标注残基出来？




如果力太少的话，全部展示还比较好，展示主要的相互作用力，但是做结合模式组图的时候，往往要保持一致性，所以有的图采用上面的方案的话，后续其它相互作用力少的图，应该也用这种模式。



全部的作用力用2d相互作用图体现，这样可以嘛？

sobereva

非常建议用IGMH（需要波函数信息）或mIGM（便宜得多，且只修要几何结构信息）直观展示相互作用，能展现得非常全面，使用十分方便，看
使用mIGM方法基于几何结构快速图形化展现弱相互作用
http://sobereva.com/755（http://bbs.keinsci.com/thread-57066-1-1.html）
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
Angew. Chem.上发表了全面介绍各种共价和非共价相互作用可视化分析方法的综述
http://sobereva.com/746（http://bbs.keinsci.com/thread-54361-1-1.html）

对于一些个别关键的氢键、卤键、盐桥等，可以再ps手动标注一下

2D图也可以一起使用，但单独使用的话无法展现出立体的相互作用信息，局限性很大。

student0618

如果有特别要highlight的作用(例如某突变/某functional group会有特定的氢键/pi-stacking) 最好要找方法强调该作用，如残基换颜色/材质、bond radius调大等。

其他作用的话，个人看法是残基编号正确、viewpoint角度差不多就算是容易比较的了。

相互作用越多，2D作用图越难看，还不如直接给两个角度的3D(e.g. 旋转90度的视角)

Rick000000

student0618 发表于 2026-6-18 17:51
如果有特别要highlight的作用(例如某突变/某functional group会有特定的氢键/pi-stacking) 最好要找方法强 ...

是的，东西越多，信息越乱，展示主要相互作用力的键和残基，可以大大让别人抓住重点，是哪些残基参与相互作用，哪些键对结合贡献比较大。社长的观点或许不适合我的研究方向，我是做药物设计这块的。

student0618

Rick000000 发表于 2026-6-18 18:00
是的，东西越多，信息越乱，展示主要相互作用力的键和残基，可以大大让别人抓住重点，是哪些残基参与相互 ...

多看些相关文章自然能培养出作图的技巧，要用图片怎么传达信息支持自己的论点。

老师2楼的作法是general的万用方法，很普适，很方便，不用担心某个作用难画、虚线太乱挡住残基等。
不过我知道有不少老师和实验组的合作者偏好用较传统的不同颜色虚线表示不同作用。

不必所有文章都看整篇，只看图，看多了就可以分出优劣，也能看出有些换皮虚拟筛选的文章是用某D/某S软件给出所有不同作用的2D图，自动生成直接放不对齐不对好残基序号。好像是给出所有作用，但对理解该体系完全没帮助，也如社长2楼所说很难表现出3维的空间感。