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[综合交流] 关于蛋白质氢键分析的工具

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Level 6 (一方通行)

现在有几个结构相似的蛋白,想看它们哪些地方的氢键差别较大,一个个pymol看难度太高了。
请问有没有工具分析,比如说像contact map那种做成一个map,横坐标纵坐标是氨基酸残基,当然不分主链和侧链的氢键,只是简单显示氢键数目。

仅限分析结构pdb,简单地分析,没打算做MD

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2#
发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
现在直接一楼的需求贴给随便一个LLM就很快能写脚本分析出来了,还可自动抓pdb自动作图。chat interface什至可能ai overview已经可以了,连agent也不用。

以前挺常见用R作这种比较的。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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