求问charmm36m模拟的膜蛋白酶配体体系是否可以用gmx_mmpbsa程序计算结合自由能？

Chiling · 发表于 Post on 2026-6-20 01:03:27

我使用gmx进行了多组嵌入型膜蛋白酶和小分子配体体系的分子动力学模拟，每组蛋白和膜体系完全相同，只有小分子是不同的互变异构体，我想通过mmpbsa比较最稳定状态下哪种小分子是对整体能量最有利的，从而对底物最可能的初始状态进行推断，我选择使用的是李老师的gmx_mmpbsa脚本，完全按照他的教程没有对轨迹进行提前处理，只手动指定了tpr，xtc，ndx等文件，想请教各位老师:
1.李老师的脚本是否支持膜蛋白配体体系的计算？

2.如果支持，使用该脚本是否需要提前对轨迹进行处理:如去除水，离子，膜分子等？
3.如果不支持，我要如何可以该体系的mmpbsa呢？

student0618 · 发表于 Post on 2026-6-20 20:59:09

本帖最后由 student0618 于 2026-6-20 21:04 编辑

没用过楼主说的脚本，但建议用更好的 https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA
这个有膜蛋白教程，如用CHARMM 力场的手册也有写怎么选专用的radii set。

Chiling · 发表于 Post on 2026-6-21 15:13:19

student0618 发表于 2026-6-20 20:59
没用过楼主说的脚本，但建议用更好的 https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA
这个有膜蛋白教程 ...

好的，感谢大佬，之前有了解过gmx_MMPBSA可以做这个事，但不知道能不能算出预期的结果了，这个工作是前期做的，现在发现那个脚本没说支不支持膜蛋白，我都试试吧

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