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[建模与可视化] 使用VMD呈现分子静电势分布的时候如何更改原子的颜色

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我使用社长提供的静电势分析脚本使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示) - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元绘制了自己体系的静电势分布图。我现在想修改其中一个原子的颜色,已经尝试过增加rep修改原子颜色,但是没有作用,想请教下在做静电势分布的时候如何更改原子原子颜色呢

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发表于 Post on yesterday 17:15 | 只看该作者 Only view this author
color Name C gray
也可以自行使用VMD的Color更改
CP2K VASP Gaussian LAMMPS GROMACS欢迎交流

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公社社长

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发表于 Post on yesterday 18:24 | 只看该作者 Only view this author
就是新建一个rep选中一个原子(参考下文),coloring method设color ID,指定你要的颜色就完了
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

注意这个原子的显示方式不要和显示所有原子的相同,否则可能被盖住。可以这个原子的球半径(如CPK模式的sphere scale)设得比默认稍微大一丁点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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