请教amber-mmpbsa程序取帧问题

王涛

我的体系为六肽-铵根。我先用 AlphaFold3 预测了肽结构，然后用 Amber 进行了分子动力学模拟和 MM/GBSA 结合能计算。
我做了 5 ns 的模拟（4 ns + 1 ns），并取了最后 1 ns（去除水于离子的轨迹）进行 MM/GBSA 计算。用VMD观察轨迹时发现铵根在前2.3 ns稳定结合在口袋内，但之后逐渐脱离，后2.7 ns基本处于远离状态（配体RMSF达到22 Å）。由于我取的是最后1 ns轨迹计算MM/GBSA，得到 ΔG ≈ -0.17 kcal/mol，接近零。
GB模型设置的是igb=2（OBC1），溶剂化用了LCPO表面模型（surften=0.005），没加熵项。检查短肽主链的RMSD在1.5 Å 范围内波动。力场和参数为ff14SB + GAFF + TIP3P。最小化和升温都成功完成。
想请教：
1. 如果只取结合态帧（比如前2.3 ns的轨迹）重新计算是否合理？还是说延长模拟时间？亦或者有其他更好的方法。
2.是否可以改用GFN0-xTB下对动力学的每一帧进行批量优化，再用GFN2-xTB优化。这个方法相较于MM/GBSA计算哪个精度更高？用这个方法要如何考虑构型影响呢？
期待各位老师的解答与建议，谢谢！

SiqiLee

5ns后配体如果体现出了结合不稳定的情况，那这个体系的构建是不是不合适啊？或者说结合构象本身就不合适呢？

student0618

AF3不适合短肽吧

王涛

student0618 发表于 2026-6-23 12:13
AF3不适合短肽吧

请问老师这个不适合短肽具体是什么意思呢？若不合适的话，我的想法是AF3得到构象后再进行动力学模拟和构型搜索，参考
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
或者老师您有其他的方法推荐吗？

王涛

SiqiLee 发表于 2026-6-23 09:49
5ns后配体如果体现出了结合不稳定的情况，那这个体系的构建是不是不合适啊？或者说结合构象本身就不合适呢 ...

这个体系文献有报道过，只不过那个论文比较老，是0几年的
我只采用前2ns的轨迹计算的话，算出来的结果为ΔG = -4.86 ± 2.82 kcal/mol。看起来还可以，但是与我用量子化学方法计算的结果（-10.7kcal/mol）有偏差，但我看网上说MM/GBSA算出来的结果应该是偏大的，在我这似乎是偏小的。
我的量子化学计算方法是先GFN0-xTB和GFN2-xTB构型搜索，然后高斯和ORCA进行频率计算和单点能计算
请问老师，我采用方法二（GFN0-xTB和GFN2-xTB）这个方法是否可行？主要是为了快速得到大量数据

student0618

王涛 发表于 2026-6-24 15:26
请问老师这个不适合短肽具体是什么意思呢？若不合适的话，我的想法是AF3得到构象后再进行动力学模拟和构 ...

AF 是机器学习方法，短肽跟训练数据差很大的。他有自帶判断predicted model quality的方法如pTM/pLDDT，一般无序结构很可能它自己打分也给很低。
通常建议AF打分结构某个cutoff以上才用，不少期刊给的用AF等方法规定也明文写出使用这些模型的话pTM/pLDDT等要多少不然可以直接desk reject。

既然都要接构象搜索，为何不直接用例如Ambertools tleap生成更省事？

王涛

student0618 发表于 2026-6-24 19:00
AF 是机器学习方法，短肽跟训练数据差很大的。他有自帶判断predicted model quality的方法如pTM/pLDDT， ...

pTM   0.04
has clash   0.0
ranking_score   0.54
chain pair pae min   0.78A
atom plddts   80-97之间(最低 80.39,最高97.41，平均约92)
这是我六肽预测的得分情况，这个ranking_score 处于中等情况。因为生物体系做的比较少，不知道这个得分是否还可以？