请教amber-mmpbsa程序取帧问题

王涛

我的体系为六肽-铵根。我先用 AlphaFold3 预测了肽结构，然后用 Amber 进行了分子动力学模拟和 MM/GBSA 结合能计算。
我做了 5 ns 的模拟（4 ns + 1 ns），并取了最后 1 ns（去除水于离子的轨迹）进行 MM/GBSA 计算。用VMD观察轨迹时发现铵根在前2.3 ns稳定结合在口袋内，但之后逐渐脱离，后2.7 ns基本处于远离状态（配体RMSF达到22 Å）。由于我取的是最后1 ns轨迹计算MM/GBSA，得到 ΔG ≈ -0.17 kcal/mol，接近零。
GB模型设置的是igb=2（OBC1），溶剂化用了LCPO表面模型（surften=0.005），没加熵项。检查短肽主链的RMSD在1.5 Å 范围内波动。力场和参数为ff14SB + GAFF + TIP3P。最小化和升温都成功完成。
想请教：
1. 如果只取结合态帧（比如前2.3 ns的轨迹）重新计算是否合理？还是说延长模拟时间？亦或者有其他更好的方法。
2.是否可以改用GFN0-xTB下对动力学的每一帧进行批量优化，再用GFN2-xTB优化。这个方法相较于MM/GBSA计算哪个精度更高？用这个方法要如何考虑构型影响呢？
期待各位老师的解答与建议，谢谢！

SiqiLee

5ns后配体如果体现出了结合不稳定的情况，那这个体系的构建是不是不合适啊？或者说结合构象本身就不合适呢？