如何检验CDA分析时，复合物及原子坐标是否对齐？

lao7 · 发表于 Post on 2017-5-25 11:53:30

想分析两个分子片段的配位情况，“使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图“讲到了，分子片段坐标要对齐，如何检验A、B、AB内各个原子的坐标是一致的？不一致如何调整？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-25 13:13:34

优化AB，然后把A、B的坐标分别拷出来写成单点输入文件，并且加nosymm即可
如果还有怀疑，你可以载入AB、A、B的fch文件，检查原子坐标是否相同

lao7 · 发表于 Post on 2017-5-26 08:14:03

本帖最后由 lao7 于 2017-5-26 09:31 编辑

sobereva 发表于 2017-5-25 13:13
优化AB，然后把A、B的坐标分别拷出来写成单点输入文件，并且加nosymm即可
如果还有怀疑，你可以载入AB、A ...

我拷贝三个文件到一个写字板里, 但坐标确实没有对齐，都算完了，有两个问题还没有明白：
1）AB文件内挑选拷贝出来，那么A，B, AB文件是三个？这三个文件独立单点计算吗？
2）单点输出，您指的是freq和Opt应该就不需要了吗？但拷贝出来的新的A,B文件结构应该不是最优化结构。
3）A，B分别拷贝出来，如果A是正离子，拷贝出来的文件对电荷的设置有无具体要求呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-26 15:37:47

lao7 发表于 2017-5-26 08:14
我拷贝三个文件到一个写字板里, 但坐标确实没有对齐，都算完了，有两个问题还没有明白：
1）AB文件内挑 ...

1 是。虽然原理上用复合物优化的输出文件也可以，但建议为了万无一失，还是对AB再算次单点吧（如果不计算AB单点，可以载入A、B的单点的fch文件和AB优化的fch文件，看里面的坐标确认一致性）
2 A、B就是不再优化，优化完了将结构就变了，和复合物不对应了。本身这里讨论的就是它们在复合物中的状态
3 片段的电荷选取有一定任意性。通常建议片段的状态（电荷、自旋多重度）设成和它在复合物状态中尽量接近的情况。

lao7 · 发表于 Post on 2017-5-26 23:11:10

sobereva 发表于 2017-5-26 15:37
1 是。虽然原理上用复合物优化的输出文件也可以，但建议为了万无一失，还是对AB再算次单点吧（如果不计算 ...

谢谢，遵照您的意见，已经计算完毕。第一次接触这个CDA分析，边学理论，边练手，不懂的很多，抱歉。

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