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[Multiwfn使用咨询] 如何检验CDA分析时,复合物及原子坐标是否对齐?

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发表于 2017-5-25 11:53:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
想分析两个分子片段的配位情况,“使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图“讲到了,分子片段坐标要对齐,如何检验A、B、AB内各个原子的坐标是一致的?不一致如何调整?
    谢谢!

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发表于 2017-5-25 13:13:34 | 显示全部楼层
优化AB,然后把A、B的坐标分别拷出来写成单点输入文件,并且加nosymm即可
如果还有怀疑,你可以载入AB、A、B的fch文件,检查原子坐标是否相同
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 楼主| 发表于 2017-5-26 08:14:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 lao7 于 2017-5-26 09:31 编辑
sobereva 发表于 2017-5-25 13:13
优化AB,然后把A、B的坐标分别拷出来写成单点输入文件,并且加nosymm即可
如果还有怀疑,你可以载入AB、A ...

我拷贝三个文件到一个写字板里, 但坐标确实没有对齐,都算完了,有两个问题还没有明白:
1)AB文件内挑选拷贝出来,那么A,B, AB文件是三个?这三个文件独立单点计算吗?
2)单点输出,您指的是freq和Opt应该就不需要了吗?但拷贝出来的新的A,B文件结构应该不是最优化结构。
3)A,B分别拷贝出来,如果A是正离子,拷贝出来的文件对电荷的设置有无具体要求呢?谢谢!





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发表于 2017-5-26 15:37:47 | 显示全部楼层
lao7 发表于 2017-5-26 08:14
我拷贝三个文件到一个写字板里, 但坐标确实没有对齐,都算完了,有两个问题还没有明白:
1)AB文件内挑 ...

1 是。虽然原理上用复合物优化的输出文件也可以,但建议为了万无一失,还是对AB再算次单点吧(如果不计算AB单点,可以载入A、B的单点的fch文件和AB优化的fch文件,看里面的坐标确认一致性)
2 A、B就是不再优化,优化完了将结构就变了,和复合物不对应了。本身这里讨论的就是它们在复合物中的状态
3 片段的电荷选取有一定任意性。通常建议片段的状态(电荷、自旋多重度)设成和它在复合物状态中尽量接近的情况。
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 楼主| 发表于 2017-5-26 23:11:10 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-5-26 15:37
1 是。虽然原理上用复合物优化的输出文件也可以,但建议为了万无一失,还是对AB再算次单点吧(如果不计算 ...

谢谢,遵照您的意见,已经计算完毕。第一次接触这个CDA分析,边学理论,边练手,不懂的很多,抱歉。
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